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什么是文庫(kù)構(gòu)建?

更新時(shí)間:2023-10-09點(diǎn)擊次數(shù):2477

基于NGS測(cè)序的諸多優(yōu)點(diǎn),故此技術(shù)在全球測(cè)序市場(chǎng)上占有著絕對(duì)的優(yōu)勢(shì)位置,而新一代測(cè)序(NGS)文庫(kù)制備是一體化測(cè)序流程中的一個(gè)關(guān)鍵因素,那么什么是文庫(kù)構(gòu)建呢?讓我們一起來(lái)看看吧!

基因文庫(kù)是儲(chǔ)存了某種生物的DNA片段的受體菌的集合體。文庫(kù)分為儲(chǔ)存全部DNA片段和部分DNA片段,前者叫基因組文庫(kù),后者包括cDNA文庫(kù)。

文庫(kù)構(gòu)建的基礎(chǔ)是將目標(biāo)RNA或DNA制備成可以和測(cè)序儀器兼容的形式。從組織或者細(xì)胞中將DNA或RNA提取出來(lái),并通過(guò)機(jī)械破碎或者是酶切法對(duì)其進(jìn)行片段化。如果前面提取的是RNA樣本,則需要將RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA。對(duì)DNA進(jìn)行接頭的連接后,一般還會(huì)有一個(gè)文庫(kù)的擴(kuò)增,即通過(guò)PCR來(lái)對(duì)所需的目的片段進(jìn)行擴(kuò)增,然后進(jìn)行上機(jī)測(cè)序。

傳統(tǒng)的DNA文庫(kù)構(gòu)建包括:DNA片段化(超聲法)、末端修復(fù)、加A、接頭連接和PCR文庫(kù)擴(kuò)增等過(guò)程(Figure 1)。整個(gè)實(shí)驗(yàn)對(duì)DNA起始量、儀器有一定的要求。

新型的文庫(kù)構(gòu)建方法利用轉(zhuǎn)座酶的轉(zhuǎn)座原理,對(duì)DNA進(jìn)行片段化并同時(shí)加上部分接頭序列,是建庫(kù)過(guò)程中是一個(gè)重大的進(jìn)步。

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